「生于大海，守护大海，去往大海——那就是“蓝色人鱼”！」距今约100年前，由于板块运动，日本的大部分国土被水淹没而消失。为了保全国土而接连建成的水上都市不知何时成为了海上都市，随着连结它们的航路增大，需要更多的人员来保护海洋安全。由此，工作的女性进出海上、守护海洋安全的职业“蓝色人鱼”成为了女学生们憧憬的存在。在这样的时代，幼时好友的岬明乃和知名萌香，和拥有“成为蓝色人鱼”这一目标的伙伴们一起，进入了横须贺的海洋高中学习。