在提倡“文明开化”的明治维新时代，是人类与妖人(妖怪)共存于世的时代。为了处理牵涉到妖人的离奇事件，政府设立了专门机关“妖人省”，由人类与妖人双方共同选派代表进行运作。被选入“妖人省”的7个人是：半人半妖的混血少女西王母桃、薄蛍、鬼灯、雪洞，以及陆军少尉総角、利剱、丸竜。由半妖少女与陆军少尉搭档进行妖怪退治的任务。