時ははるか未来。NEUE（ノイエ）と呼ばれる銀河に存在する惑星セルダール。セルダール星には別の銀河EDEN（エデン）にあるトランスバール星との友好関係の元に作られた、トランスバール市が存在する。そこにトランスバール軍によって設立された５人の女の子による特殊部隊、それがルーンエンジェル隊である。精鋭であるルーンエンジェル隊は紋章機と呼ばれる戦闘機を駆り、広大な宇宙を舞台に大活躍！……のはずだったのだが……彼女たちは一筋縄ではいかない隊員だらけだったのだ！マイペースな５人が、気の向くままに何もなくても縦横無尽のドタバタ騒ぎを大展開！果たして一体どんな愉快な事件がおきるのか!?ハイテンションSFアクションコメディの決定版！